Gerar, difundir e induzir soluções científicas e tecnológicas em patologias tropicais.
Ser reconhecida como instituição de referência na redução dos problemas de saúde na região Amazônica.
Os valores da Fiocruz, pautados pela relevância da atuação da organização para a sociedade, são os alicerces de atitudes, comportamentos e características que configuram a doutrina essencial da organização. São valores da Fundação:
1 – Compromisso institucional com o caráter público e estatal.
2 – Ciência e inovação como base do desenvolvimento socioeconômico e da promoção da saúde.
3 – Ética e transparência.
4 – Cooperação e integração.
5 – Diversidade étnica, de gênero e sociocultural.
6 – Valorização dos trabalhadores, alunos e colaboradores.
7 – Qualidade e excelência.
8 – Redução das iniquidades.
9 – Compromisso com as principais metas de transformação social do Estado brasileiro.
10 – Compromisso socioambiental.
11 – Democracia participativa.
12 – Democratização do conhecimento.
13 – Educação como processo emancipatório.